Obwohl die heutige Kirche erst ab 1900 gebaut wurde, ist diese doch vor allem im Innenraum ein sehenswertes Schmuckstück. Die alte Kirche bzw. Kapelle wurde wegen Baufälligkeit zuvor abgebrochen.

Die Kaplanei St. Margarethen wurde erstmals 1468 genannt. Fischingen war Filiale von Empfingen und hatte eine Schloßkaplanei auf Wehrstein. Eine eigene Pfarrei (St. Margarethe) wurde erst 1790 unter dem Patronat der Fürsten von Hohenzollern errichtet.