1360 wurde erstmals eine Kapelle in Harthausen genannt, welche Filial der Epfendorfer Kirche war. Eigenständige Pfarrei wurde Harthausen erst 1819. Die alte gotische Kirche wurde 1921 abgerissen, die heutige Kirche in den Jahren 1910/11 erbaut. Die alte Kirche stand im Bereich des heutigen Friedhofs.

Westlich der heutigen Kirche befindet sich ein merowingerzeitlicher Reihengräberfriedhof. Bilder 2019 und 2020.