882 erstmals als Hardhusa erwähnt

Harthausen war ab 1344 württembergisches Allod (Eigengut), da es aber nach der Reformation katholische Ortsherren hatte, wurde hier nie die Reformation eingeführt.

1549 bis 1805 Ortsherrschaft durch die Herren von Stain

1974 wurde Harthausen nach Trichtingen eingemeindet und mit Trichtingen 1975 nach Epfendorf

Oberhalb der heutige Kirche kommen immer wieder merowingerzeitliche Reihengräber ans Tageslicht. Die letzte archäologische Ausgrabung von zwei Gräbern aus dem circa sechsten Jahrhundert fand im April 2019 statt.